Il y a donc une forte disparité dans le traitement des PdE, qui conditionne leur manière de travailler. En effet, un PdE qui reçoit une décharge horaire importante disposera de plus de temps pour mettre en place un suivi individualisé d'élève avec une prise en charge qu'un PdE qui exerce une fonction d'enseignant ou de CPE à temps complet.

La charge de travail d'un PdE peut donc être importante et source de tension.

Le corps d'origine du PdE (CPE ou enseignant) oriente également son action au sein de l'établissement. Ce sont ici les problèmes de la légitimité du PdE et des territoires partagés qui se posent : un CPE est-il crédible pour ses collègues si il prend en charge des problèmes pédagogiques ? Comment réagira un CPE si un enseignant décide de gérer un système d'exclusion internée ?

Certains PdE enseignants remarquent également qu'il est plus difficile de s'intégrer dans certains projets en fonction de la matière enseignée à la base.

L'organisation des tâches des PdE dans les établissements s'adapte aux problématiques locales. Néanmoins il est possible de remarquer que les PdE s'organisent souvent selon le modèle du suivi de niveau (un PdE pour les 6ème, un pour les 5ème...). Certains établissements ont fait le choix d'organiser les missions des PdE autour du suivi de projets ou d'actions bien définies.

Les PdE qui prennent en charge les 6èmes s'investissent particulièrement sur la liaison école-collège (école du socle). Ils ont également à cœur de travailler les questions de l’accueil et de l'adaptation au collège de ces jeunes élèves. Pour les PdE en charge des troisièmes, les questions centrales sont souvent celles de l'orientation et de la liaison collège-lycées, du suivi des stages et du DNB. Les cycles centraux laissent plus de liberté dans le choix des actions mises en place.

L’organisation des tâches des PdE est un moment important de la relation Direction/PE et peut amener à la rédaction d’une lettre de missions plus ou moins cadrante.