Comment mener de front les missions internes au collège et celles qui investissent la liaison inter-degrés (école - collège - lycée) ?
Une difficulté consiste à élargir le champ d’implication du préfet des études au niveau du réseau constitué par les écoles primaires du secteur, tout en développant de manière efficace, et donc dans la durée, les actions et dispositifs susceptibles de pouvoir améliorer les pratiques et prises en charge au sein de l’établissement.
En raison de la multiplicité des tâches à investir au sein du collège, le préfet des études est plus naturellement porté à s’y consacrer, et manque souvent de temps pour travailler l’inter-degré de manière satisfaisante.
De plus, en fonction de son corps d’origine, un temps d’adaptation est nécessaire, pour pouvoir comprendre les différences de culture entre les métiers du premier et ceux du second degré, et dépasser les incompréhensions fréquentes. Ainsi, pour un enseignant des écoles, la question de l’articulation entre “le pédagogique et l’éducatif” ne se pose par nature pas dans les mêmes termes. La compréhension fine des champs d'action des différents métiers du second degré peut ne pas aller de soi pour des enseignants habitués à gérer les problèmes d'une école "entre pairs".
A l’inverse, les contraintes de la polyvalence peuvent amener à minimiser certains savoirs nodaux dans des disciplines d’enseignement. Aborder ces questions, pour un enseignant préfet des études, nécessite souvent des compléments de formation exigeants.