La démarche de projet, la mise en place d'innovations ou d'expérimentations article 34 peut donc être une des tâches investies par les préfets des études. Cette facette de son action ne peut pas être solitaire : il s’agit de co-organiser des projets.

La finalité de la co-organisation de projets réside dans une réponse apportée à un problème posé dans l'établissement. Encore faut-il que le diagnostic soit partagé. Ce n’est possible que par une phase de confrontation exigeante des points de vues, durant laquelle un but commun peut être trouvé. Cette démarche peut interroger la légitimité du préfet des études : primus inter pares, qui est-il pour se mettre en avant ?

Pour faciliter la co-animation ou la remédiation, il peut être décidé avec la direction et les enseignants :

- de modifier les emplois du temps afin de dégager des moyens.

- de  travailler avec une équipe disciplinaire à l'organisation de concours ou de défis pour un niveau, ou d'organiser l'analyse précoce de certaines difficultés dans les compétences de base

- si un problème de prise en charge des élèves exclus de cours se pose dans un étblissement, un système nouveau "d'inclusion" des élèves peut être coordonné avec la vie scolaire.

- la question de l'intégration des élèves peut aussi permettre une réflexion collective sur l'organisation d'une semaine d'accueil des sixièmes par exemple.

Tous ces projets peuvent bousculer des représentations préétablies, les pratiques professionnelles, remettre en question  la division du travail, mettre en cause le travail ordinaire des personnels.

La co-organisation de projets demande donc beaucoup de temps et d'énergie, afin que les actions retenues soient perçues par le plus grand nombre comme susceptibles de répondre à des difficultés identifiées. Mais la reconnaissance de la communauté ou de l'institution peut ne pas être au rendez-vous. Une certaine fatigue ou lassitude peut alors s’installer...