L’évolution des pratiques au sein des classes constitue un des enjeux qui détermine l’action du préfet des études.

Cette orientation l’amène à s’investir dans l’analyse portant sur la nature des difficultés des élèves et des professeurs.

A cet effet, il cherche avec les enseignants à identifier les types de difficultés rencontrées dans les apprentissages et le travail personnel (connaissances, compétences, méthodologie, autonomie, adhésion des élèves), ainsi que dans la conduite de classe. Mais pour que ce soit acceptable par les différents acteurs, encore faut-il prendre le temps de comprendre pourquoi chacun fait ce qu'il fait, en se gardant de jugements hâtifs, et sans se contenter de projeter ses propres normes pédagogiques...

Ce travail peut conduire notamment à chercher ensemble à mieux comprendre la nature réelle des difficultés  manifestées par les élèves : les comportements perturbateurs, lorsqu’ils trouvent leur origine dans des difficultés scolaires massives, appellent par exemple des réponses d’ordre plutôt pédagogique qu’éducatif.

Dans un second temps, le préfet des études favorise la recherche collective et/ou individuelle de réponses, qu’il peut enrichir de son expérience et de ses outils, tant dans la classe que dans des dispositifs spécifiques. Ses compétences en la matière sont alors une des clés pour sa reconnaissance par les enseignants.

Il peut aussi identifier au sein des équipes ou dans les réseaux de formateurs les personnes porteuses de ressources, susceptibles d’animer des formations à l’interne. Dans ce cadre, il peut être amené à faire des propositions en ce sens aux équipes de direction.