Après diagnostic, le préfet des études établit, avec l'équipe, les modalités de prise en charge des élèves en difficultés. Selon la nature des problèmes rencontrés :

- Une remédiation est proposée à l'élève au sein de la classe. Le préfet des études participe alors à l'organisation d'activités différenciées au sein de séances pédagogiques, et établit un suivi des acquisitions de l'élève. Le préfet des études peut aussi organiser la prise en charge des élèves, en dehors des heures de cours, dans des séances d'accompagnement personnalisé, avec l'aide des assistants pédagogiques,

- L'élève est intégré dans un dispositif particulier :
- Un PPRE (projet personnel, et non seulement un dispositif !) est établi, coordonné par le préfet des études. Ce document élabore l'articulation entre une prise en charge au sein de la classe, notamment par des activités différenciées, ou par une extraction de l'élève, à qui sont proposées des séances spécifiques. D'autres dispositifs transitoires peuvent être coordonnés par le préfet des études (emploi du temps individualisé, réintégration progressive des élèves en décrochage, alternance)
- Des entretiens sont menés par le préfet des études : l'élève est invité à réfléchir sur son métier d'élève (compétences civiques et sociales), à travers un dialogue pouvant s'appuyer sur des supports tels que des textes ou des images. A travers la réflexion sur la finalité de la scolarité au collège, ces entretiens participent à la construction du projet d'orientation de l'élève.

La participation – ou non – du préfet des études au conseil de classe des élèves suivis est un élément constitutif de la légitimité du Préfet des études et un lieu essentiel de croisement de regards. L'investissement affectif élèves/enseignants peut être à double tranchant, lorsqu'il prend le pas sur les apprentissages scolaires.

Certaines expériences de dispositifs spécifiques organisés en direction des élèves les plus en réussite ont montré leur efficacité, lorsqu'ils permettent d'accéder à des compétences expertes.

L'évaluation des progrès réalisés reste un problème complexe, malgré l'inventivité et la recherche d'outils adapté. L'articulation entre l'organisationnel et le pédagogique peut être source de difficultés, si les différents acteurs ne sont pas parvenus à dégager des pistes communes sur la nature des difficultés des élèves. En l'absence de moyens supplémentaires (heures d'enseignement ou assistants pédagogiques), les possibilités d'adaptations efficaces sont limitées.

Plus généralement, la pertinence des dispositifs d'aide est toujours à questionner, pour distinguer les dispositifs qui vont permettre à l'élève d'être actif dans ses apprentissages, de ceux qui ne déboucheront sur rien sinon à de nouvelles formes d'assistanat. La question des emplois du temps, des plages horaires, des heures supplémentaires après les cours est toujours délicate à gérer. "A partir de l'usine à gaz, il faut que les fluides circulent" ont signalé plusieurs préfets participants...

Dilemmes :
- ce qu'on doit à tous (égalité de traitement) <=> les adaptations/innovations indispensables
- oser se lancer dans un dispositif visible <=> avoir l'honnêteté de le remettre en question lorsqu'il ne porte pas ses fruits.
- Construction de l'autonomie <=> assistanat