Avec son chef d’établissement, le préfet des études doit en principe négocier sa lettre de mission, afin de définir son travail. L’entretien, le plus souvent individuel, porte sur les axes majeurs de son activité : définition de projets pédagogiques spécifiques, actions sur la remédiation envers des élèves en difficulté… Il arrive que certains préfets découvrent une lettre de mission qu’ils n’ont pas signée ; il se peut également que nombre d’objectifs soient assignés de manière unilatérale. Parfois même, la lettre de mission n’existe pas, ou reste de pure forme. Assurément la négociation de la lettre de mission peut être le moment où s’établit une confiance mutuelle.

Autre risque dont témoigne l’expérience, la lettre de mission fige des actions qui ne répondent finalement pas à des besoins évolutifs.  Lors des changements de direction, la lettre de mission peut se renégocier sans que le nouveau chef d’établissement tienne toujours compte des désirs ou des compétences du préfet des études.
Le chef d’établissement choisit aussi les priorités du préfet des études soit en accord avec lui, soit en lui imposant des axes de travail, selon l’idée que le chef d’établissement se fait des besoins du collège. Dans ce cas, le risque est d’imposer au préfet des études des missions pour lesquelles il ne se reconnaît aucune compétence.

Certains chefs d’établissement font participer le préfet des études aux réunions de direction. Le préfet des études se trouve alors dans la position de donner son avis sur des questions extrêmement diverses touchant la vie et l’organisation de l’établissement. Donner un point de vue dans ce cadre est souvent une opération délicate, car le préfet des études ne peut pas donner son avis sans oublier qu’il est un professeur, sans quoi il risque de se mettre en porte-à-faux avec ses collègues, d’autant plus qu’il peut être aussi suspecté d’être un agent des politiques éducatives du ministère. La position intermédiaire du préfet des études est donc source de tensions.

Dans le cadre du suivi du ou des niveaux qui lui sont échus, le préfet des études est amené à travailler avec l’équipe de vie scolaire ou les professeurs principaux. Dans ce cadre, sa tâche consiste à recueillir les informations des CPE, de l’assistante sociale ou de l’infirmière afin d’orienter les élèves en difficulté vers un dispositif de remédiation adapté (par exemple un PPRE), ou de les recevoir personnellement en entretien. Il en va de même avec les professeurs principaux, à ceci près que dans ce cas, l’angle choisi sera plus particulièrement pédagogique. Il est parfois difficile de partager des informations sans remettre en cause les territoires des différents métiers. La question du secret autour des informations concernant l'élève et sa famille est un sujet toujours très sensible.

Les préfets des études qui participent à tous les conseils de classe dont ils ont la charge, trouvent là aussi l’occasion de recueillir des informations sur les élèves, mais surtout de gagner en visibilité en faisant connaitre leur action passée, ou en annonçant leurs intentions quant à certains élèves.

Dilemme :
- Lettre de mission trop vague / lettre trop explicite qui enferme dans des prescriptions.
-  Primus inter pares / ex-pair (cadre intermédiaire)
- Division du travail / travailler avec...